土地使用证显示三层超过了怎么办

1、如果土地是宅基地，要到村委会出证明，变更土地面积，然后拿证明和宅基地土地证到国土部门，办理变更宅基地面积土地证。然后再拿变更面积后的土地证到房管局办理宅基地房产证。

2、如果土地是国有土地，则无法办理。超出面积的房屋是违法建筑，要被强行拆除的。只能把建造的房屋改建在土地证面积内，这样才可以办理到房产证。

【法律依据】

根据《不动产登记暂行条例实施细则》第二十六条第二款，不动产的坐落、界址、用途、面积等状况变更的，不动产权利人可以向不动产登记机构申请变更登记。